Pada Tahun 2009 RSU Panglima Sebaya mempunyai sembilan program kerja yaitu:
1. Program Pelayanan Administrasi Perkantoran
2. Program Peningkatan Sarana dan Prasarana Aparatur
3. Program Peningkatan Disiplin Aparatur
4. Program Peningkatan Kapasitas Sumber Daya Aparatur
5. Program Peningkatan Pengembangan Sistem Pelaporan Capaian Kinerja Dan Keuangan
6. Program Upaya Kesehatan Masyarakat
7. Program Standarisasi Pelayanan Kesehatan
8. Program Pengadaan, Peningkatan Sarana Dan Prasarana Rumah Sakit/Rumah Sakit Jiwa/Rumah Sakit Paru-Paru/Rumah Sakit Mata
9. Program Pemeliharaan Sarana Dan Prasarana Rumah Sakit/Rumah Sakit Jiwa/Rumah Sakit Paru-Paru/Rumah Sakit Mata
Untuk Tahun 2009 ada satu penambahan program kegiatan yaitu Program Standarisasi Pelayanan Kesehatan dengan kegiatannya berupa Akreditasi Rumah Sakit.